东南大学技术转移中心成立于2009年，是江苏省科技厅第一批批准设立的江苏省高校技术转移中心,并被科技部认定为国家技术转移示范机构。先后在省内外设立了50余家技术转移地方分中心。2018年，学校设立“南京东南大学技术转移中心有限公司”，作为学校科技成果转化的运作实体，以市场化手段专门从事学校科技成果转化、技术转移以及知识产权运营工作。公司职能定位主要包括：技术转移，成果推广，科技成果孵化和产业化，专利运营，成果转化基金运作与管理，技术转移平台建设（技术转移分中心、需要企业化运作的异地研究院和其它新型科研机构以及网络信息平台），技术转移人才队伍建设，科技咨询和科技中介服务等。学校还授权公司作为新增的其它类型科技成果转化平台公司（异地研究院、技术转移地方分中心等）、学校科技成果作价入股以及投资其他相关的科技型企业等的持股平台，负责参股、控股企业的监督管理。